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Introduction

La bio-informatique joue désormais un rôle important dans de nombreux domaines de recherche en sciences de la santé et de la vie. De nombreuses disciplines, telles que la recherche sur le microbiome, le cancer, l'immunologie et la recherche clinique, produisent d'énormes quantités de données dont l'analyse et l'interprétation requièrent des outils informatiques. Par ailleurs, les besoins de formation en bio-informatique sont plus importants que jamais en raison de l'utilisation croissante des mégadonnées en recherche en santé.

Dans le but de répondre à ces besoins de la communauté canadienne des chercheurs en santé, le Centre de recherche en données massives de l'Université Laval (CRDM_UL) mettra sur pied un cours d'été axé sur le microbiome. Ce cours d'été est en concordance avec le plan stratégique des IRSC, « Feuille de route pour la recherche : exploiter l'innovation au profit de la santé des Canadiens et de l'amélioration des soins », puisque l'orientation stratégique 1 cherchant à « Promouvoir l'excellence, la créativité et l'étendue de la recherche en santé et de l'application des connaissances » considère les stagiaires comme des chefs de file de l'entreprise canadienne de recherche en santé.

Le cours d'été de 2017 sur le microbiome est le fruit d'une collaboration entre de nombreux partenaires et commanditaires qui contribueront tous au succès de ce cours. Parmi ces partenaires et commanditaires, notons entre autres Calcul Québec, la Chaire d'excellence en recherche du Canada sur le microbiome, l'Université Laval ainsi que plusieurs instituts des IRSC tels que l’Institut de l’appareil locomoteur et de l’arthrite, l’Institut de la nutrition, du métabolisme et du diabète, l’Institut de la santé circulatoire et respiratoire, l'Institut de la génétique, l'Institut de la santé des femmes et des hommes et l’Institut des maladies infectieuses et immunitaires.

Ce cours d'été donnera une introduction sur l'utilisation de la bio-informatique en recherche sur le microbiome ainsi que sur l'application de l'analytique des mégadonnées dans ce domaine. Les participants se verront d'abord présenter un éventail d'outils et de ressources de base applicables à diverses disciplines. Pour permettre l'exploration de ressources spécifiques à un domaine d'intérêt particulier, les participants seront séparés en petits groupes pour travailler sur un problème préparé par les organisateurs. Le cours comprendra de la formation et du mentorat offerts par des spécialistes provenant du Centre de recherche en données massives (CRDM), de l'Université Laval ainsi que des professeurs d'autres établissements canadiens tels que l'University of Toronto, la Dalhousie University et l'University of British Columbia.

Objectifs

L'objectif principal de ce cours d'été est de répondre aux besoins en matière de formation en bio-informatique des chercheurs canadiens travaillant sur le microbiome en offrant des cours d'initiation sur les plus récents développements en bio-informatique. C'est pourquoi ce cours intégrera des approches d'apprentissage machine.

Ses objectifs secondaires sont de :

  • Fournir aux étudiants en informatique et en bio-informatique un carrefour d'interaction pour aborder les problèmes de mégadonnées associés aux études de métagénomique;
  • Assembler plusieurs génomes, associer des données de séquençage court à des génomes séquencés, rechercher dans cette cartographie des variations à l'aide d'algorithmes d'apprentissage machine et la prévalence des transcrits (à l'aide des données de mRNAseq) et comparer le microbiome à l'aide d'outils logiciels;
  • Transférer de grands ensembles de données entre ordinateurs;
  • Exécuter des analyses détaillées pendant la nuit;
  • Exécuter et modifier les scripts Python et R existants;
  • Utiliser efficacement, par l'entremise de Calcul Québec, les ressources informatiques de base telles que Calcul Canada, organisme sans but lucratif responsable de la coordination des travaux dans le domaine du calcul informatique de pointe en recherche dans l'ensemble du Canada.

Frais de participation

Les frais de participation sont de 300 $ par participant et contribueront à couvrir les frais pour le cours, les déplacements, l'hébergement et les repas.

Public cible

Ce cours s'adresse à des personnes qui travaillent ou ont l'intention de travailler dans le domaine de la recherche sur le microbiome dans un contexte médical ou biomédical et qui veulent acquérir de l'expérience en bio-informatique. On s'attend à ce que les candidats entament des projets liés à la bio-informatique ou requièrent l'utilisation de telles approches dans le cadre de leurs travaux. On s'attend à accueillir un amalgame de chercheurs en bio-informatique et en informatique.

Les candidats admissibles sont :

  • Les étudiants gradués (maîtrise, doctorat, stagiaires post-doctoraux);
  • Les superviseurs de laboratoire;
  • Les chercheurs autonomes (en fonction du nombre de candidatures, la préférence sera accordée aux chercheurs en début de carrière);
  • Les bio-informaticiens et les informaticiens qui veulent acquérir de l'expérience en méthodes d'analyse du microbiome et en analytique des mégadonnées liées à la recherche sur le microbiome.

Nombre de places

Les IRSC appuieront jusqu'à 45 participants.

  • Jusqu'à 4 places seront réservées à des candidats dont les activités de recherche sont liées au mandat de l'Institut de la santé circulatoire et respiratoire (ISCR).
  • Jusqu'à 2 places seront réservées à des candidats dont les activités de recherche sont liées au mandat de l'Institut de l'appareil locomoteur et de l'arthrite (IALA).

Critères de sélection

Toutes les candidatures seront évaluées en fonction des critères de sélection suivants :

  • Le classement sera établi selon la pertinence du projet, les aptitudes informatiques et la lettre de motivation.
  • L'équité des sexes et la représentation géographique seront également prises en considération.
  • Un certain nombre de places (2 maximum) seront réservées au personnel de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA).
  • Des candidats étrangers pourraient être acceptés si le nombre de places disponibles le permet. La préférence sera accordée aux candidats provenant d'établissements reconnus par les IRSC.

Soumission de candidatures

Les candidatures doivent être présentées sur le site web, où les candidats doivent remplir le formulaire de demande qui sera évalué par le comité de sélection.

Les candidats sélectionnés seront contactés (voir l'échéancier) afin de procéder à leur inscription à l'événement.

Échéancier

Présentation des candidatures : 24 mars 2017
Avis de décision : 19 avril 2017
Inscription : 26 avril 2017